Entre sus obras se encuentran los libros de cuentos El amor nos dio cocodrilos, Los maridos de mi madre, y Rojo semidesierto, así como las novelas Nunca más su nombre y Santos ahogados (próxima aparición), las cuales forman parte de la Trilogía del semidesierto. En este proyecto, su enfoque como escritor está íntimamente ligado a la caminata como una herramienta que comprende y recupera los lugares donde se da el desplazamiento forzado a causa del mega extractivismo en México que ha socavado las zonas de libre tránsito.

Joel Flores ha recibido múltiples reconocimientos por su trabajo literario. En 2016, la Feria Internacional del Libro de Guadalajara lo destacó como uno de los veinte escritores jóvenes más representativos de América Latina en su programa “Ochenteros”. En 2014, su novela Nunca más su nombre obtuvo el Premio Bellas Artes de Primera Novela Juan Rulfo. En 2013, fue galardonado con el Certamen Internacional Sor Juana Inés de la Cruz del Estado de México por Rojo semidesierto.

Además de sus reconocimientos literarios, Joel ha participado en varios programas de residencia para escritores y becas de escritura creativa e investigación. Durante 2020 a 2023 fue miembro del Sistema Nacional de Creadores de Arte de México. En 2019, residente internacional en el Centro de las Artes y la Creatividad de Banff, Canadá. De 2007 a 2008, residente internacional de la Fundación Antonio Gala para Jóvenes Artistas en Córdoba, España. También fue becario del Fondo Nacional para la Cultura y las Artes, Jóvenes Creadores, en las categorías de cuento y novela en 2005, 2014 y 2018.